En 1927, on y construisit une chapelle en bois. 3 ans plus tard, on démarra la construction de la chapelle en pierre selon le projet de Łukasz Wolski, qui s’acheva en 1940. En 1944, l’église, dont le sous-sol abritait un hôpital insurrectionnel, fut à moitié détruite. On la reconstruisit dans les années 60 du XXème siècle. Au début des années 80, l’église devint un endroit connu à travers toute la Pologne. C’est ici que fit ses sermons religieux et patriotiques le bienheureux prêtre Jerzy Popiełuszko. Ses messes devinrent de vraies manifestations patriotiques et attiraient des foules non seulement de Varsovie, mais de toute la Pologne. Le prêtre s’investissait dans l’aide aux personnes persécutées par le régime communiste à l’époque de la loi martiale. Son activité fit de lui une cible d’attaques des autorités communistes. Il était intimidé, interrogé à plusieurs reprises ou même arrêté. Le 19 octobre 1984, il fut assassiné par les autorités communistes. Ses obsèques à l’église Stanisław Kostka attirèrent des milliers de fidèles comme le faisaient ses messes. Le tombeau du prêtre se trouve à côté de l’Église Stanisław Kostka. Dans son intérieur, il y a un musée consacré à la personne du prêtre.