L’église fut construite entre 1683 et 1692 selon le projet de deux architectes remarquables, Tylman van Gameren et Augustin de Locci, en tant qu’acte de gratitude pour les batailles gagnées de Chocim et de Vienne. Le temple s’inspire du temple romain des Capucins, sa façade est ornée du blason de la famille Sobieski – Janina (blason de la noblesse, symbole de plusieurs familles nobles). Le temple, détruit pendant l’Insurrection de Varsovie en 1944, fut reconstruit entre 1945 et 1955. A l’intérieur se trouvent deux sarcophages royaux : celui avec le cœur de Jan III Sobieski et celui avec les entrailles d’August II le Fort. Dans le sous-sol du temple gisent de nombreux représentants de l’aristocratie et de l’intelligentsia tels que le peintre Bernardo Bellotto, nommée Canaletto, peintre de cour du roi Stanisław August Poniatowski.
De nos jours, l’église des Capucins est surtout connue pour une crèche mouvante, que l’on peut admirer en période de Noël dans l’église inférieure.