La date exacte de la construction de l’église demeure inconnue. Les premières mentions sur le temple remontent à 1608. Des analyses architecturales ont permis d’établir que l’édifice, bâti dans le style gothique, a été érigé vers 1500.
En 1830, après la suppression du couvent des Bernardins à Gołańcz, les autorités prussiennes ont remis l’église Notre-Dame à la communauté luthérienne du village voisin de Smolary. Elle appartenait aux protestants locaux jusqu’en 1945.
Dans la crypte du temple on a enterré Kunegunda Drwęska, la première femme de Józef Wybicki, auteur des paroles de l’hymne national polonais.