Le musée a été fondé en 1954 à l’initiative du docteur Stanisław Kiełtyka, l’abbé du couvent, qui voulait protéger la collection des œuvres d’art religieux des Pères cisterciens de Szczyrzyc et un nombre important d’objets d’art et d’artisanat folklorique offerts au couvent par des habitants de la région. Le Ministère de la Culture a alors décidé d’attribuer au musée conventuel de Szczyrzyc le statut d’une filiale du Musée de diocèse de Tarnów. Au début les collections étaient hébergées dans des locaux du couvent et n’étaient pas repartis en départements. En 1966 on les a cataloguées et divisées en deux départements : militaire et d’art religieux. Le musée a été transféré à un ancien grenier. Tous ces travaux ont été accomplis sous la houlette du père Henryk Jędrzejewski, conservateur actuel du Musée conventuel des Pères cisterciens de Szczyrzyc.