Ses débuts remontent à 1961, lorsque le cardinal Stefan Wyszyński a donné aux Pallottins à Zakopane la statue de Notre-Dame de Fatima qu’il a reçu de l'évêque de Fatima. La statue a été placée dans la chapelle de 1951, située près de la maison des Pallottins à Krzeptówki. Le Sanctuaire de Fatima a été constuit dans les années suivantes. Il est fortement lié avec le personnage du pape Jean-Paul II.

En 1987, la construction de la grande église, près de la chapelle, a été entreprise. Cette église est un remerciement pour la vie du pape Jean-Paul II, après l’attentat le 13 mai 1981. L'église a été conçue par Stanislaw Tylka de Zakopane, construite par les montagnards. La construction a été achevée en 1992. L'église fut consacrée par le pape Jean-Paul II le 7 Juin 1997, lors de son pèlerinage en Pologne.

L’autel à laquelle le pape Jean-Paul II a célébré l'eucharistie au cours du même pèlerinage, a été déplacé dans le Park de Fatima. Près de l'autel se trouve une statue de Jean-Paul II. En outre, en 2005 la chapelle a été consacrée à la commémoration de la mort du pape. Le Sanctuaire de Zakopane est visité chaque année par environ 300 mille pèlerins.