Le siège du musée est l’ancien ensemble synagogal qui se compose de deux temples (XVIIIe et XIXe siècle) et d’un bâtiment scolaire.
L’ensemble synagogal de Włodawa est l’un de rares sites de ce type en Pologne à se conserver jusqu’à nos jours. Au musée on découvre à travers des collections consacrées à la communauté juive de Włodawa un monde déjà révolu et peu connu de petites villes et de villages juifs appelés shtetl ». En outre on peut y visiter des expositions ethnographiques présentant des exemples de la culture matérielle de la région de Polésie.