Les collections du musée se composaient pour la plupart de tableaux, sculptures, livres et mobilier liturgique confisqués par les autorités russes aux églises grecques-catholiques au moment de la suppression de la confession grecque-catholique en 1875 (suppression de l’union de Brest).

Pendant la Première Guerre mondiale la majorité des collections ont été détruites ou pillées. Rares objets qui se sont conservés ont été remis à L’institut Stefan-Czarniecki (école secondaire). Le directeur de l’établissement Wiktor Abroziewicz s’est mis à organiser de nouveau le musée – le premier musée du Pays de Chełm en Pologne indépendante.

La Seconde Guerre mondiale est ravagé l’établissement et ses collections. Après la guerre le régionaliste Kazimierz Janczykowski a pris le relais de Wiktor Ambroziewicz. En 1953 on a transféré la collection archéologique de l’école Stefan-Czarnecki au siège du collège Piaristes récemment rénové. En 1969 les autres collections ont suivi.

Actuellement l’organigramme du Musée du Pays de Chełm comprend les départements suivants : département archéologique et ethnographique, département historique, département de l’environnement naturel et de l’éducation, département de l’art, bibliothèque.