Les Dominicains, venus de Cracovie, s’installèrent ici au début du XVIIème siècle. En 1603, ils commencèrent la construction d’une chapelle en bois et de bâtiments conventuels provisoires. La construction de l’église dans le style baroque dura jusqu’en 1639, alors que les bâtiments furent achevés en 1650. En 1864, quand le tsar, usant de représailles après l’Insurrection, ferma le couvent, l’église fut prise en charge par les prêtres diocésains. Quelques années plus tard, l’établissement jouait le rôle d’un orphelinat pour garçons, d’une école et servait d’internat aux anciens élèves de cette dernière.
Lors de l’Insurrection de Varsovie, l’église (qui abritait alors un hôpital insurrectionnel) fut bombardée tout comme le couvent ce qui entraîna la mort des centaines de blessés morts ensevelis sous les décombres.
En 1947, les Dominicains retournèrent au temple. Sa reconstruction, qui dura jusqu’en 1959, démarra.
Reconstruite après la Guerre, l’église perdit de sa splendeur, mais demeure toujours l’une des plus belles et importantes églises de Varsovie.
Le monument le plus important de l’église est la chapelle baroque des Kotowski datant de la fin du XVIIème siècle, qui survécut aux incendies de la guerre. Les sarcophages des époux Kotowski se trouvent dans une crypte souterraine de la main de Tylman van Gameren. Son fondateur Adam Kot, fabuleusement riche, naquit comme un simple serf, et grâce à son acharnement mourut sous le nom d’Adam Kotowski, serdeau du roi Jan III Sobieski et de son épouse Marguerite.