C’est une église baroque construite par étapes entre 1679 et 1733, selon le projet de Jan Ceroni et Jakub Fontana. À côté, il y a un bâtiment conventuel de 1727. Les XIXème et le XXème siècle furent une période difficile et précaire pour l’église. Elle abritait entre autres une prison, un orphelinat, mais aussi l’Académie Ecclésiastique de Varsovie. Après l’Insurrection de Varsovie, dans la cour du couvent, les Allemands fusillaient la population civile de la Vieille Ville.
En 1944, l’église fut bombardée, mais pas brûlée. De nombreux éléments de l’intérieur baroque, tels que l’ambon (reconstruit à partir des éléments conservés), les autels latéraux, les épitaphes, l’orgue et des tableaux des XVIIème et XIXème siècles furent épargnés.