Une première petite église gotique en bois fut construite dans cet endroit déjà au XIVème siècle avec un hôpital municipal – elle servait donc de chapelle d’hôpital. Au XVIIème siècle, l’hôpital fut pris en charge par l’Ordre du Saint Paul L’Ermite, qu’on avait fait venir en Pologne et qui fonda un couvent auprès de l’hôpital.
L’imposant bloc architectural que l’on voit aujourd’hui rappelle celui, qu’avaient fait construire les Pauliens au début du XVIIIème siècle. Józef Piol et Józef Szymon Belotti furent les architectes de cette grande église baroque.
Elle fut détruite lors de l’Insurrection de Varsovie en 1944. En 1956, on rebâtit le couvent, en reconstruisant le fronton baroque avec les statues des saints, l’ambon baroque et le grand autel.
L’église avoisine le plus petit immeuble de Varsovie, qui abrite de nos jours un kiosque.
Depuis près de 300 ans, chaque année au début d’août, le plus grand pèlerinage pédestre pour Jasna Góra à Częstochowa (le sanctuaire de la Sainte Vierge le plus important du pays et en même temps le couvent le plus connu des Pauliens) commence devant l’église.