La première église à Wilkołaz a eu droit à une mention de Jan Długosz en personne, un grand chroniqueur médiéval polonais. C’était un édifice de bois. Il ne s’est pas conservé. L’église actuelle, construite en maçonnerie (brique et pierre) entre 1648 et 1653, a été financée par le propriétaire de Zamość, l’hetman Jan Zamoyski, et a reçu comme patron saint Jean-Baptiste. Le temple est doté d’une seule nef. Si à l’origine son architecture était de style baroque, de nombreuses dévastations et reconstructions subies au fil des siècles ont contribué à ce qu’elle perde son caractère original. La sacristie jouxte le chœur, la nef est précédée du narthex et flanquée de grandes chapelles. Les trois autels en bois de chêne ont été adaptés à l’esthétique baroque qui domine à l’intérieur du temple.